microSDカード同士でコピーするのではなく、Rasberry Pi 3で、システムをバックアップします。このバックアップにはrpi-cloneを使用し、Rasberry Pi 3上で、USBに挿されているSDカードリーダのmicroSDカードにシステムバックアップします。Windowsには、Win32 Disk Imagerがありますが、microSDカード同士でコピーをするため、コピー先のSDのサイズが少しでも小さいと”Not enough space on disk”という警告が表示され、コピーを実行できません。rpi-cloneは、システムファイルのみ（microSDカードに記録されているファイルのみ）をコピーするので、サイズが小さくなります。
rpi-cloneのインストール
次のコマンドでrpi-cloneをインストールします。作業場所は、展開したフォルダ「rpi-clone」になります。
$ git clone https://github.com/billw2/rpi-clone.git Cloning into ‘rpi-clone’… remote: Counting objects: 58, done. remote: Total 58 (delta 0), reused 0 (delta 0), pack-reused 58 Unpacking objects: 100% (58/58), done. Checking connectivity… done.
USB-microSDカードリーダの準備
USBメモリとして認識させます。最初に、USB-microSDカードリーダを認識しているかを次のコマンドで確認します。USB-microSDカードリーダは、「ID 8564:4000」として認識されていました。
$ lsusb Bus 001 Device 004: ID 8564:4000 Bus 001 Device 003: ID 0424:ec00 Standard Microsystems Corp. SMSC9512/9514 Fast Ethernet Adapter Bus 001 Device 002: ID 0424:9514 Standard Microsystems Corp. Bus 001 Device 001: ID 1d6b:0002 Linux Foundation 2.0 root hub
USB-microSDカードリーダがどこにマウントされたか、次のコマンドでデバイス名を調べます。「/dev/sda」でマウントされていました。
$ sudo fdisk -l Disk /dev/ram0: 4 MiB, 4194304 bytes, 8192 sectors Units: sectors of 1 * 512 = 512 bytes Sector size (logical/physical): 512 bytes / 4096 bytes I/O size (minimum/optimal): 4096 bytes / 4096 bytes … … Disk /dev/sda: 7.4 GiB, 7969177600 bytes, 15564800 sectors Units: sectors of 1 * 512 = 512 bytes Sector size (logical/physical): 512 bytes / 512 bytes I/O size (minimum/optimal): 512 bytes / 512 bytes Disklabel type: dos Disk identifier: 0x00000000 Device Boot Start End Sectors Size Id Type /dev/sda1 8192 15564799 15556608 7.4G b W95 FAT32
rpi-cloneによるバックアップ
次のコマンドによりバックアップを開始します。
$ sudo ./rpi-clone sda -f
次の問い合わせがあるので、「y」を入力します
Do you want to unmount /media/pi/BOOT? (yes/no):
次の問い合わせがあるので、「y」を入力します
Do you want to initialize the destination disk /dev/sda? (yes/no):
次の問い合わせがあるので、ラベル名を入力します
You may enter a label for the destination rootfs /dev/sda2:
少し待たされます。
(This may take several minutes)...
*** Done with clone to /dev/sda ***
Started: 15:14:01 Finished: 15:24:53
次の表示があるので、Enterを入力すると、unmountされて、microSDカードへのバックアップが終了します。
Hit Enter when ready to unmount the /dev/sda partitions…
USB-microSDカードリーダからmicroSDカードを抜き、Rasberry Pi 3のカードリーダに挿入して起動すると、Rasberry Pi 3は再ブートして、コピー元と同じimageがRasberry Pi 3にロードされます。
2017/02/27 追加
外山様よりご連絡があり、「SD Card Coier」を使用すれば同じように、バックアップが取れることを教えていただきました。調べてみると、最新OS Raspbianのメニューに、SD Card Copierというツールがついていて、これを使うと自分自身を USBカードリーダー内のSDカードにコピーでき、手軽にバックアップがとれるようです。